Les rescapés reprennent leur périple, abandonnant un des navires, et le Basque Juan Sebastián de Elcano (1476-1526) impose son autorité. Les Moluques sont atteintes en novembre. Mais la Trinidad n'est bientôt plus en état de poursuivre sa navigation : de longues réparations lui sont nécessaires, et elle sera capturée plus tard par les Portugais. À partir du 12 décembre 1521, Elcano revient sur la petite Victoria.
En mai 1522, il réussit à franchir le cap de Bonne-Espérance et parvient à Sanlúcar le 6 septembre. Le premier tour du monde a demandé presque trois années. Dix-huit hommes parvinrent à revenir à Séville.
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